EV71 là một trong những tác nhân đặc biệt nguy hiểm của bệnh tay chân miệng do có tính hướng thần kinh, có thể gây tổn thương hệ thần kinh trung ương. Khi bệnh diễn tiến nặng, trẻ có thể gặp các biến chứng thần kinh, rối loạn thần kinh thực vật, phù phổi cấp, suy hô hấp, suy tuần hoàn và đe dọa tính mạng.
Đáng lưu ý, biến chứng có thể xuất hiện sớm và diễn tiến rất nhanh, thường trong những ngày đầu của bệnh, đặc biệt từ ngày 2 - 5 và có thể muộn đến ngày 7. Tổn thương thần kinh và rối loạn thần kinh thực vật có thể nhanh chóng kéo theo các biến chứng hô hấp, tuần hoàn nghiêm trọng, vì vậy trẻ cần được theo dõi sát để nhận biết dấu hiệu chuyển nặng và đưa đến cơ sở y tế kịp thời.
Gánh nặng của bệnh cũng có thể không dừng lại khi trẻ qua giai đoạn cấp tính. Ở một số trường hợp bệnh nặng, đặc biệt khi có tổn thương thần kinh, trẻ có thể gặp những hậu quả kéo dài như yếu hoặc liệt chi, rối loạn vận động, khó nuốt, teo cơ, rối loạn hành vi, chậm phát triển thần kinh hoặc ảnh hưởng nhận thức. Những di chứng này có thể kéo dài, ảnh hưởng đến quá trình phát triển, sinh hoạt và chất lượng sống của trẻ, đồng thời tạo thêm gánh nặng chăm sóc cho gia đình.